Consejo Directivo.
Es la máxima autoridad normativa y administrativa de la Universidad y está conformado por cinco miembros propietarios. Los cargos del Consejo Directivo son: Presidente, Vicepresidente, Secretario y dos Vocales.

Rector.
Es la máxima autoridad ejecutiva de la Universidad y además su representante legal. Es electo por el Consejo Directivo de entre sus miembros por un período de cinco años y puede ser reelecto. Ejecuta todas las disposiciones emanadas del Consejo Directivo y es el encargado de convocarles para celebrar sesión. Sus deberes y atribuciones se encuentran descritos en el Art. 20 de los Estatutos de la Institución.

Vicerrector.
Es electo por el Consejo Directivo de entre sus miembros, para un período de cinco años y deberá reunir los mismos requisitos que el Rector y puede ser reelecto. Le corresponde desempeñar las mismas funciones que de conformidad a los Estatutos y demás ordenamientos jurídicos son asignadas al Rector.

Secretario General.
El Secretario General de la Universidad es electo por Consejo Directivo de entre sus miembros, para un período de cinco años y puede ser reelecto. Actúa como Secretario del Consejo Directivo y tiene a su cargo el Archivo General de la Universidad. Refrenda con su firma y sello los títulos, diplomas, certificados y otros documentos que extiende la Universidad y además es el Jefe del Registro Académico.

Fiscal.
Es electo por el Consejo Directivo para un período de cinco años y puede ser reelecto, debe ser Abogado y Notario de la República. Entre sus atribuciones se destaca la de ejercer la procuración y el notariado a nombre y en representación de la Universidad ante toda clase de tribunales y oficinas administrativas de la República.

Decanos.
Son las máximas autoridades ejecutivas de las facultades de estudio; son los enlaces entre éstas y los demás organismos de la Universidad. Son electos por el Consejo Directivo para un período de cinco años y pueden ser reelectos; son responsables del buen desarrollo del Proceso Enseñanza Aprendizaje de su respectiva facultad.

Directores.
Son las personas encargadas de las unidades académicas y administrativas que dependen directamente de la Rectoría. Sus atribuciones están definidas en el Reglamento Interno de la Institución y en el Manual de Descripción de Puestos y Funciones de la Universidad.

Consejo de Decanos.
Es un organismo consultivo y propositivo en el ámbito de la gestión académica, formado por los Decanos de las facultades: Ciencias Económicas, Ingeniería y Arquitectura, Arte y Diseño, Ciencias Sociales y Ciencias Jurídicas; el Director del Centro Regional de Occidente (CRO) y un representante del Rector. Este organismo tiene como responsabilidad principal el desarrollo del Proceso Enseñanza Aprendizaje y la aplicación de la mejora continua del mismo.

Comité de Calidad.
Es un organismo colegiado de carácter consultivo y propositivo en materia de la planificación, ejecución, verificación y acción del Sistema de Gestión de la Calidad en el marco de la mejora continua en las áreas académicas y administrativas, y está constituido por el Rector, el Secretario General, el Presidente del Consejo Directivo, el Coordinador del Consejo de Decanos, el Director del CRO y el Director de Gestión de Calidad.

Dirección de Planificación Educativa.
Es una dependencia con carácter consultivo y propositivo, encargada de ofrecer apoyo técnico a las unidades que tienen encomendado el desarrollo del Proceso de Enseñanza-Aprendizaje, por lo que su cometido es el de sugerir procedimientos de mejora continua a las diferentes facultades y a la Dirección del Centro Regional de Occidente.

Facultades.
Las Facultades son las unidades académicas responsables de administrar las carreras de pregrado que ofrece la Universidad.
Existen cinco facultades:

• FACULTAD DE CIENCIAS ECONÓMICAS

• FACULTAD DE INGENIERÍA Y SISTEMAS

• FACULTAD DE CIENCIAS SOCIALES

• FACULTAD DE CIENCIAS JURÍDICAS

• FACULTAD DE ARTE Y DISEÑO

ACADÉMICAS.
1. Dirección de Postgrados y Educación Continua.
Esta dirección tiene dos funciones: Administrar las carreras de Postgrado (Maestrías y Doctorados) y administrar los programas de formación continua (cursos cortos, diplomados, entre otros).
La Educación Continua que se imparte consiste en diplomados, seminarios y cursos de actualización técnico-profesional, sin la obtención de grado académico, procurando que se desarrollen al más alto nivel académico y propiciando que siempre estén acordes con el desarrollo tecnológico y con los requerimientos sobre temas específicos de la empresa privada y pública, vinculando de esta manera a la academia con los diferentes sectores productivos del país.

2. Dirección de Egresados y Graduados.
Es responsable de concretar el proceso de finalización académica de los estudiantes de la Universidad, por medio de su proceso de graduación. Supervisa la ejecución del proceso en sus diversas modalidades y conforme al Reglamento General de Graduación vigente. Además debe dar seguimiento a los egresados y graduados de la Universidad, para conocer su situación laboral y su nivel de satisfacción por los servicios recibidos en la Institución.

3. Instituto de Ciencia, Tecnología e Innovación (ICTI ).
Es responsable de desarrollar los proyectos de investigación institucional, los cuales deben estar orientados a resolver problemas nacionales; también de promover la participación del personal docente y estudiantes en los proyectos de investigación institucional, para ello cuenta con un equipo de investigadores a tiempo completo y de investigadores asociados, entre estos últimos se incluyen los docentes investigadores.

4. Dirección de Proyección Social.
Es la unidad responsable de planificar, organizar y coordinar los programas de proyección social, con la participación activa de estudiantes, personal docente y administrativo. Desarrolla, en coordinación con las demás unidades de la Universidad los programas, proyectos y acciones de proyección social, las cuales tienen como objetivo la vinculación de la Universidad con la sociedad salvadoreña. También es responsable de coordinar el servicio social estudiantil. Se vincula además con los servicios ofrecidos por el Centro de Práctica Jurídica y Clínica Psicológica que funcionan en la Institución.

5. Dirección de Calidad.
Su carácter es organizativo y es responsable de la coordinación y supervisión del cumplimiento de las normas y procedimientos establecidos para el aseguramiento de la calidad en los servicios educativos y otros que presta la institución, así como el seguimiento de las quejas y sugerencias de los estudiantes por medio del Sistema de Gestión de la Calidad de la Universidad.

ADMINISTRATIVAS.
1. Dirección Administrativa.
Administra las actividades relacionadas con la adquisición y provisión de materiales y equipos necesarios para el desarrollo de las actividades académicas y administrativas internas. Se encarga de supervisar y mantener el buen estado de la infraestructura física y dispone racionalmente de la prestación de servicios de personal auxiliar y de transporte. Tiene bajo su responsabilidad el funcionamiento de la Sección  de mantenimiento, la  Sección de compras, Sección de Recursos Humanos Administrativos, el centro de copias, la recepción, motoristas y personal administrativo asignado.

2. Dirección Financiera.
Es responsable de planificar las finanzas de la Institución, dar seguimiento y evaluar el comportamiento de las variables que afectan su ejecución; elaborar el Presupuesto General de la institución, así como verificar y controlar su ejecución. Además, proyecta los índices de liquidez financiera, necesarios para cumplir oportunamente con los compromisos y obligaciones adquiridas, y vela por el cumplimiento de los requisitos legales y fiscales que le corresponden a la Institución en su carácter de corporación de utilidad pública sin fines de lucro.

3. Dirección de Tecnología y Sistemas.
Es responsable de garantizar el buen funcionamiento de los recursos tecnológicos de apoyo al Proceso de Enseñanza Aprendizaje y promover los avances en materia de tecnología. Se encarga de supervisar el eficiente funcionamiento de las dependencias que tiene bajo su responsabilidad: UFGnet, Redes y Telefonía, Capacitaciones y Soporte de Servicios Virtuales, Centro de Desarrollo de Software (CDSOFT) y la Administración de los Laboratorios Especializados.

4. Dirección del Sistema Bibliotecario.
Es responsable de coordinar el buen funcionamiento del Sistema Bibliotecario de la Universidad, el cual está constituido por tres bibliotecas: dos en la Sede Central y una en el Centro Regional de Occidente. Esta Unidad  es responsable de definir las políticas de los servicios bibliotecarios ofrecidos, así como de planificar y gestionar la adquisición de los recursos bibliográficos, tanto en forma impresa como electrónica. También supervisa el cumplimiento de las normas y procedimientos establecidos para el funcionamiento de las bibliotecas de la institución.

5. Dirección de Desarrollo Estudiantil.
Tiene la atribución de facilitar a los estudiantes los servicios de orientación que necesitan para lograr una formación integral; promueve además, programas culturales, artísticos y deportivos para la comunidad universitaria. Esta Dirección también tiene dentro de sus funciones la de coordinar la Comisión Disciplinaria de la Institución. De esta dirección dependen las unidades de Deporte, Extensión Cultural y Orientación Vocacional.

6. Dirección de Relaciones Públicas y Comunicaciones.
Es responsable de mantener la imagen y el posicionamiento de la marca UFG. Coordina las Relaciones Públicas, Protocolo y Dirección de Eventos Institucionales.

7. Registro Académico.
Esta unidad es dirigida por la Secretaría General. En esta dependencia se lleva el registro de las notas que los estudiantes obtienen en las diferentes asignaturas, además es responsable de la custodia del archivo de expedientes académicos de los estudiantes inscritos y retirados; Administra los diferentes trámites de ingreso, reingreso, retiros, inscripción, cambios de carrera y otorgamientos de equivalencias e incorporaciones, así como otros trámites académicos contemplados en sus procesos.

8. Dirección de Tecnología Educativa.
Es responsable de promover el uso y aplicación de las Tecnologías de la Información y Comunicaciones (TIC) a los procesos educativos que funcionan en la Universidad, actividad que ha desarrollado mediante la coordinación de virtualización de carreras completas y algunos cursos y diplomados. También es responsable de la formación y certificación de tutores virtuales, que luego son los responsables de atender las diferentes asignaturas en modalidad virtual.